В царствование царя Федора Россия укрепилась на Балтике, победив Швецию в войне 1590-1595 гг. По Тявзинскому мирному договору 1595 г. Швеция вернула России города и районы Новгородской земли, захваченные во время Ливонской войны: Ивангород, Корелу, Копорье и Ям. В первые годы царствования Федора Иоанновича продолжилось широкое освоение Сибири, были основаны города: Белый город, Обдорск (Салехард), Сургут и Тары на реке Иртыш. В 1586 г. основан острог Тюмень на месте татарского города Чимги-Тура, взятого Ермаком в 1581 г. В 1587 г. отряд казаков под командованием Данилы Чулакова основал город Тобольск. В 1586 г. у южных рубежей страны были заложены сторожевые крепости Самара и Воронеж. В 1589 г. на Волге был основан острог Царицын. В июне 1591 г. была отбита последняя в истории России атака ордынского войска (хана Казы-Гирея) на Москву. В 1586 г. грузинский царь Александр обратился к царю Федору Иоанновичу с тем, чтобы он принял Иверию под свое покровительство. Спустя два года митрополит Иов отвечал царю Александру, что русский царь "землю твою Иверскую взял в свое царское достояние под свою руку". Царь и патриарх неоднократно посылали в Грузию материальную помощь и духовные послания.
В Москве в это царствование были выстроены каменные стены вокруг Белого или Царева города (в этой центральной части Москвы близ Кремля жили, главным образом, бояре и дворяне, находившиеся на постоянной царской службе, потому земля, занятая их дворами, называлась "белой", то есть освобожденной от земельных налогов, которыми облагались "черные" земли ремесленников, торговцев и землепашцев). Работой в Белом городе заведовал русский зодчий Федор Конь. Работы начались в 1587 г. и закончены в два года с небольшим. Стена и вал начаты от нынешнего Яузского моста, неправильною дугою, через Покровку, Мясницкую, Сретенку, Петровку, Тверскую, Никитскую, Арбат и Пречистенку, где у нынешнего храма Спасителя упирались в Москву-реку. Стена Белого города имела 28 башен и 9 ворот, сходных с воротами Китай-города. У ворот стояли воротники и запирали их на ночь.
В период правления царя Федора Иоанновича хозяйственная жизнь страны пошла на подъем, удалось преодолеть тяжелые последствия неудачной Ливонской войны (1558-1583). Совершенствовалось вооружение армии, особенно артиллерия. Была отлита в Москве Царь-пушка, или дробовик. Вес ее 2400 пудов; каждое ядро для заряда весит 120 пудов, а заряд пороху 30 пудов. Она была отлита русским мастером, как гласит надпись, Андреем Чоховым.
Царь Федор Иоаннович умер 7 января 1598 года. Народ, услышав весть о смерти государя, толпами шел в Кремль; все выражали свою глубокую скорбь, и многие горько рыдали. Погребен он был в Архангельском соборе Московского Кремля.
Вскоре после кончины царь Федор был занесен в святцы местночтимых московских святых. Св. Патриарх Иов (+1607) составил "Повесть о честном житии царя Федора Иоанновича", с начала XVII века известны его иконные изображения в нимбе.