Эта церковь, как и большинство в республике, воздвигается, как издревле повелось на Руси, методом народной стройки - на средства прихожан. У села давняя богатая история. Местные жители рассказывают, что когда-то Пертнуры были центром Большеюнгинской волости. Здесь находилось волостное правление, переведенное сюда в начале XIX века из села Большая Юнга, так называлось тогда село Покровское.
Тогда же, в 1828 году, в Пертнурах на средства прихожан была построена красивая каменная двух-престольная церковь Вознесения Господня. Старожилы вспоминали, что это  было уникальное архитектурное сооружение с удивительным внутренним оформлением. По преданию, на случай опасности здесь даже был подземный ход, который вел из подвалов церкви до берегов реки Юнги.  Но через столетие, уже в советские годы, ее постигла трагичная участь большинства православных храмов. В 30-е годы церковь стала складом, где сначала хранили зерно, потом удобрения, а в 60-х годах она вообще была разрушена.
Нынешние жители с.Пертнуры особенно гордятся тем, что в истории края их село занимает особое место. Ведь оно связано с именем священника Андрея Даниловича Альбинского, который стал едва ли не первооткрывателем в распространении грамотности среди местного населения. Еще в 1812 году он открыл в своем доме первую марийскую школу. На следующий год составил "Грамматику горного черемисского языка", ставшую первым настоящим учебником, позволившим марийским детям учиться грамоте. Через шесть лет она была официально признана и даже издана в Казани. Не случайно позже многие из выпускников Альбинского пошли по стопам своего учителя - преподавали в волостных, братских и приходских школах.
Сегодня краеведы называют еще несколько имен, прославивших Пертнуры и оставивших заметный след в истории развития края. Среди них основоположник профессионального изобразительного искусства, основатель художественного музея в г. Козьмодемьянске Александр Григорьев, учитель-просветитель Петр Григорьев-Эмяш и другие.
В какой-то мере в признание их заслуг и памяти несколько лет назад пертнурцы взялись за возведение сельского храма на месте полуразрушенной сторожки - бывшей трапезной, находившейся когда-то рядом с храмом. Именно в ней несколько лет назад был устроен алтарь, который освятил малым чином архиепископ Йошкар-Олинский и Марийский Иоанн. Но бого-
служения здесь проводились редко, только когда в Пертнуры приезжал Микряковский батюшка. Постоянными службы стали с момента появления у храма своего настоятеля -
иерея Евгения (Шатрова) в 2010 году.
Под его руководством началось и обустройство храма. Пристроена каменная колокольня, сейчас ведется реконструкция кровли, на ней уже возведены четверик и восьмерик, установлены купола. Буквально на днях подняты и освящены кресты. Постепенно старое помещение обретает очертания храма.
В планах - газовое отопление, ремонт и реконструкция внутренних интерьеров. Уже убраны перегородки, что позволило почти вдвое увеличить площадь помещения. И если раньше по большим праздникам храм не вмещал всех желающих, то теперь места хватает и постоянным пожилым прихожанам, и молодежи, которой сегодня в храме немало.