Все началось с построенной на средства благотворителей богадельни при Входоиерусалимской церкви. В 1888 году Указом Синода она была преобразована в женский черемисский монастырь.
Монастырская Входоиерусалимская церковь была одной из самых старых в Царевококшайске. Построена в 1754 году на средства купца Алексея Матвеевича Карелина. Храм был трехпрестольным. Его приход состоял из жителей пригородных деревень Большое Чигашево, Малое Чигашево, Тарханово, Подборная, Большая Ноля и других.
Вторая монастырская церковь - домовая церковь во имя преподобного Сергия Радонежского Чудотворца, устроенная в восточной части двухэтажного деревянного здания богадельни в 1886 году.
В 90-е годы XIX века в монастыре появились деревянные двухэтажные корпуса для келий, просфорной и живописной мастерской, четыре деревянных одноэтажных дома, где размещались келии, трапезная, кухня, читальня, больница. За стенами монастыря с восточной стороны в специальном доме располагалась монастырская школа.
Богородице-Сергиевский женский монастырь был определен как нештатный общежительный монастырь. В 1904 году в нем было 9 монахинь, 35 послушниц, 113 белиц.
Монастырь имел свое хозяйство, земельную собственность. В Семеновском уезде Нижегородской губернии 700 десятин земли поступили в распоряжение обители по завещанию отставного рядового Ивана Алыбина. 11 десятин лугов с домом и усадьбой в трех верстах от Царевококшайска за рекой Ошлой - от вдовы губернского секретаря Марии Ульяновой. Имелись также луга (77 десятин) в 50 верстах от города на р. Кокшаге. Казна представила обители лесной участок в 161 десятину в 12 верстах от города.
Монастырское хозяйство процветало. На его территории имелся сад, цветник.
По некоторым сведениям, в монастыре в начале XX века появилась первая в городе фотомастерская, где для паломников печатались фотооткрытки с видами монастыря.
Октябрьская революция трагически отразилась на судьбе обители. Вскоре монастырь был закрыт, имущество и земли конфискованы, здания отданы под квартиры и учреждения, монахини выселены из келий. Свой век они доживали в усадьбе за Ошлой.
Последний удар по монастырю был нанесен в начале 30-годов прошлого столетия, когда взорвали Входоиерусалимскую церковь. Взрыв храма запечатлел фотограф-любитель Александр Степанович Решеткин.