Одним из притоков "царь-реки” является Малая Кокшага (Изи Какшан). Именно она - рекордсмен по протяженности среди водных объектов республики. Ее длина - 194 километра. Начинается на севере Марий Эл, в Оршанском районе, на склонах Вятских увалов. Течет в юго-западном направлении. После Йошкар-Олы поворачивает на юг и течет по заболоченному руслу среди смешанного леса. Впадает в Куйбышевское водохранилище у села Кокшайск. Имеет больше 25 притоков.
 
Начальник отдела регулирования водных отношений Департамента экологической безопасности, природопользования и защиты населения Марий Эл Александр КУСАКИН:
- Я бы сказал, Малая Кокшага - рабочая река. Она не только дает воду для хозяйственно-бытового водоснабжения населения столицы. Теплоснабжение и полив улиц также ведется за счет этой реки. Анализы показывают, что Малая Кокшага испытывает большую антропогенную нагрузку. Главная проблема, на мой взгляд, - сброс ливневой канализации. С улиц города в реку попадает очень много мусора. Однако не все так плохо. Анализы донных отложений показали, что степень загрязнения низкая, тем более, что наш департамент, начиная с 2007 года, занимается очисткой дна. Чего мы там только не находим: и шины, и кирпичи, и велосипеды, и даже кровати... Река мелеет, ухудшается самоочищаемость, это грозит загрязнением, и, если ей не помочь, Малая Кокшага просто начнет гнить.